總機構(gòu)和分支機構(gòu)注冊地不一致，且分別屬于營業(yè)稅改征增值稅試點地區(qū)和非試點地區(qū)，總分機構(gòu)納稅人如何繳納增值稅—— 試點地區(qū)總機構(gòu)：經(jīng)批準可合并繳納增值稅
營業(yè)稅改征增值稅試點期間，總機構(gòu)與分支機構(gòu)分處試點地區(qū)和非試點地區(qū)，總機構(gòu)試點納稅人該如何納稅增值稅？在安徽、山東、江西、浙江、山西、河北、甘肅、北京、四川設(shè)有9家分公司，在上海設(shè)有一個分支機構(gòu)——上海航空有限公司的中國東方航空股份有限公司（以下簡稱中國東方航空公司），在“營改增”過程中就存在上述問題。
為解決營業(yè)稅改征增值稅試點期間總機構(gòu)試點納稅人繳納增值稅問題，財政部、國家稅務(wù)總局發(fā)布了《關(guān)于中國東方航空公司執(zhí)行總機構(gòu)試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法的通知》（財稅〔2011〕132號）。其中附件一《總機構(gòu)試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法》（以下簡稱辦法）對試點納稅人的納稅方式和稅務(wù)管理作出了明確規(guī)定。
納稅方式
1.分支機構(gòu)自行計算繳納稅款。
分支機構(gòu)按現(xiàn)行規(guī)定計算繳納增值稅和營業(yè)稅，并按規(guī)定歸集匯總已繳納的增值稅和營業(yè)稅數(shù)據(jù)，傳遞給總機構(gòu)。
以中國東方航空公司為例，假設(shè)2012年1月，北京分公司航運業(yè)務(wù)收入1000萬元，上海航空公司航運業(yè)務(wù)收入2000萬元，中國東方航空公司總機構(gòu)收入17000萬元。北京分公司2月納稅申報，應(yīng)繳納營業(yè)稅1000×3%＝30（萬元），在北京繳納入庫。不考慮進項稅額，上海航空公司2月納稅申報繳納增值稅2000÷（1＋11%）×11%＝198.20（萬元），分支機構(gòu)在各自所在地繳納的營業(yè)稅、增值稅以附件1《營業(yè)稅傳遞單》、《增值稅傳遞單》的形式，傳遞至總機構(gòu)確認納稅。
2.總機構(gòu)匯總的應(yīng)征增值稅銷售額由兩部分組成。
第一部分為總機構(gòu)及其分支機構(gòu)的應(yīng)征增值稅銷售額。上例中，總機構(gòu)收入加上上海航空公司收入構(gòu)成的銷售額為（17000＋2000）÷（1＋11%）＝17117.12（萬元）。
第二部分為非試點地區(qū)分支機構(gòu)發(fā)生《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于在上海市開展交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2011〕111號）附件1《交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點實施辦法》中《應(yīng)稅服務(wù)范圍注釋》所列業(yè)務(wù)的銷售額。計算公式如下：銷售額＝應(yīng)稅服務(wù)的營業(yè)額÷（1＋增值稅適用稅率）。比如上例的北京分公司，應(yīng)稅服務(wù)業(yè)營業(yè)額為1000萬元，換算銷售額為1000÷（1＋11%）＝900.9（萬元）。
3.總機構(gòu)應(yīng)納稅額計算。
總機構(gòu)應(yīng)當(dāng)匯總計算總機構(gòu)及其分支機構(gòu)的應(yīng)繳增值稅，抵減分支機構(gòu)已繳納的增值稅和營業(yè)稅款后，解繳入庫。不考慮進項稅額抵扣，總機構(gòu)應(yīng)繳增值稅（17117.12＋900.9）×11%－30－198.2＝1753.78（萬元）。
4.總機構(gòu)進項稅額可以匯總確定。
上例中沒有考慮非試點地區(qū)取得增值稅進項稅額情況，“營改增”前，對于取得發(fā)票不需要抵扣增值稅，“營改增”后，總機構(gòu)要按照整體銷售額確定應(yīng)繳納增值稅，相應(yīng)非試點地區(qū)分支機構(gòu)所取得的增值稅進項稅額發(fā)票可以抵扣。因此，辦法規(guī)定，總機構(gòu)的進項稅額，是指總機構(gòu)及其分支機構(gòu)購進貨物或者接受加工修理修配勞務(wù)和應(yīng)稅服務(wù)，支付或者負擔(dān)的增值稅稅額，用于銷售貨物、提供加工修理修配勞務(wù)和發(fā)生《應(yīng)稅服務(wù)范圍注釋》所列業(yè)務(wù)之外的進項稅額不得抵扣。非試點地區(qū)分支機構(gòu)發(fā)生《應(yīng)稅服務(wù)范圍注釋》所列業(yè)務(wù)而購進貨物或者接受加工修理修配勞務(wù)和應(yīng)稅服務(wù)，應(yīng)當(dāng)索取增值稅扣稅憑證。盡管非試點地區(qū)分支機構(gòu)發(fā)生《應(yīng)稅服務(wù)范圍注釋》所列業(yè)務(wù)，按照現(xiàn)行規(guī)定還要申報繳納營業(yè)稅，但是從總機構(gòu)層面上來看，整個東方航空公司相當(dāng)于全面實施了營業(yè)稅改征增值稅試點。例如，上例中北京分公司營運收入盡管繳納營業(yè)稅，但其運營業(yè)務(wù)一樣可取得增值稅專用發(fā)票認證，只不過要由上?？倷C構(gòu)計算應(yīng)納稅額時進行進項抵扣處理。上?？倷C構(gòu)處理時，對于分支機構(gòu)當(dāng)期已繳納的增值稅稅款和營業(yè)稅稅款，允許在總機構(gòu)當(dāng)期增值稅應(yīng)納稅額中抵減，抵減不完的，可以結(jié)轉(zhuǎn)下期繼續(xù)抵減。
稅務(wù)管理
為保證試點改革中增值稅鏈條的完整性，辦法規(guī)定，總機構(gòu)及其分支機構(gòu)，一律由其機構(gòu)所在地主管國稅機關(guān)認定為增值稅一般納稅人。非試點地區(qū)分支機構(gòu)發(fā)生應(yīng)稅服務(wù)，應(yīng)按月將當(dāng)月的營業(yè)稅應(yīng)稅營業(yè)額和已繳納的營業(yè)稅稅款歸集匯總，填寫《營業(yè)稅傳遞單》，報送主管地稅機關(guān)簽章確認后，于次月10日前傳遞給總機構(gòu)。銷售貨物、提供加工修理修配勞務(wù)和應(yīng)稅服務(wù)的分支機構(gòu)，應(yīng)按月將當(dāng)月應(yīng)征增值稅銷售額、進項稅額和已繳納的增值稅稅款歸集匯總，填寫《增值稅傳遞單》，報送主管國稅機關(guān)簽章確認后，于次月10日前傳遞給總機構(gòu)。
總機構(gòu)的增值稅納稅期限為一個季度。總機構(gòu)應(yīng)當(dāng)在開具增值稅專用發(fā)票的次月15日前向主管稅務(wù)機關(guān)報稅?？倷C構(gòu)的增值稅進項稅額，應(yīng)當(dāng)在認證當(dāng)季度終了后的申報期內(nèi)申報抵扣?？倷C構(gòu)及其分支機構(gòu)取得的增值稅扣稅憑證，應(yīng)當(dāng)在規(guī)定期限內(nèi)到主管國稅機關(guān)辦理認證或者申請稽核比對。
需要提醒納稅人注意的是，除中國東方航空公司總分機構(gòu)納稅人可以適用財稅〔2011〕132號附件規(guī)定的計算方法外，其他總分機構(gòu)納稅人若適用上述規(guī)定，必須經(jīng)財政部和國家稅務(wù)總局批準?！吨腥A人民共和國增值稅暫行條例》第二十二條第一款規(guī)定了增值稅的納稅地點，即“固定業(yè)戶應(yīng)當(dāng)向其機構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅?？倷C構(gòu)和分支機構(gòu)不在同一縣(市)的，應(yīng)當(dāng)分別向各自所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅；經(jīng)國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門或者其授權(quán)的財政、稅務(wù)機關(guān)批準，可以由總機構(gòu)匯總向總機構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅”。此外，財稅〔2011〕111號文件的附件1《交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點實施辦法》第七條也規(guī)定，兩個或者兩個以上的試點納稅人，經(jīng)財政部和國家稅務(wù)總局批準，可以視為一個納稅人合并納稅。具體辦法由財政部和國家稅務(wù)總局另行制定。本條是對兩個或者兩個以上的試點納稅人，可以視為一個試點納稅人合并納稅的規(guī)定。合并納稅的批準主體是財政部和國家稅務(wù)總局。因此，總分機構(gòu)處于“營改增”試點地區(qū)和非試點地區(qū)的納稅人，若適用上述政策，必須經(jīng)財政部、國家稅務(wù)總局批準后方可適用上述合并納稅政策。